Naturstoffforschung

© Martin Joppen
© Rolf K. Wegst
© Rolf K. Wegst

Unsere Forschungsmotivation

Die Natur hat sich als wertvolle Quelle für kleine, bioaktive Moleküle erwiesen, die zur Vorbeugung und Behandlung von Krankheiten eingesetzt werden können. Mikrobiell gewonnene Naturstoffe (NPs) spielen als Wirkstoffe in pharmazeutischen, veterinärmedizinischen und landwirtschaftlichen Produkten eine besonders wichtige Rolle. Um diese Erfolgsgeschichte fortzusetzen, müssen kontinuierlich neue chemische Einheiten, die die gewünschten biologischen Eigenschaften aufweisen, entdeckt werden.

 

Unser Ansatz

Im Rahmen einer öffentlich-privaten Partnerschaft, wurde die voll funktionsfähige Plattform zur Entdeckung neuer Naturstoffe von Sanofi an das Fraunhofer IME übertragen. Im Zuge dessen steht nun der gesamte Arbeitsablauf allen PartnerInnen des IME-BR offen. Dieser deckt alle wesentlichen Kernaspekte, beginnend bei Kultivierung von Mikroorganismen im Milliliter-Maßstab, bis hin zum aufgereinigten Naturstoff, ab. Darüber hinaus entwickeln wir die an uns übertragenen Techniken ständig weiter und passen sie an die spezifischen Bedürfnisse unserer KundInnen. Das Kernelement unserer Abteilung ist eine der weltweit größten industriellen Stammsammlungen, bestehend aus über 110.000 Mikroorganismen. Die darin abgebildete Biodiversität umfasst vor allem talentierten Naturstoffproduzenten, wie Actinomyceten, Bacilli und Myxobakterien, sowie  eine Vielzahl von Pilzen. Die phylogenetische Vielfalt wird von uns durch systematische Kultivierungskampagnen stets erweitert.  Hierbei fokussieren wir uns besonders auf die Isolierung von seltenen und dementsprechend wenig erforschten Mikroorganismen und bedienen uns dabei u.a. an Droplet-Mikrofluidik-Technologie. Wir verwenden unserer Bioressourcen um mikrobielle Naturstoffextrakte zu generieren und profilieren. Am Ende der Wertschöpfungskette steht meist die Isolierung neuartiger Verbindungen mit potentieller Anwendung in der Human- und Veterinärmedizin (z. B. Antibiotika, Antinematoden) sowie in der Landwirtschaft (z. B. Insektizide, Fungizide, Herbizide). Unterstützt wird dies zusätzlich durch unsere hochmoderne Analytik, der auf einer einzigartigen Referenzdatenbank mit mehr als 1500 Reinsubstanzen zu Grunde liegt.

Unsere Abteilung hat in den letzten Jahren mehrere gemeinsame Forschungsprojekte mit Pharma-, Tiergesundheits- und Agrochemieunternehmen erfolgreich durchgeführt und das Know-how erworben, Kollaborationsprojekte zielgerichtet und fristgerecht durchzuführen.

 

NP-Forschungsplattform

Projekte am Fraunhofer IME beginnen häufig mit Analysedienstleistungen von Proben und Produkten unserer PartnerInnen. Diese Charakterisierungen beinhalten beispielsweise:

  • Bioaktivitätsscreenings
  • Identifizierung bioaktiver Inhaltsstoffe
  • Chemische Dereplikation
  • Produktoptimierung
  • Isolierung von Wirkstoffen

Profitieren Sie von unserer umfangreichen Sammlung von Mikroorganismen, mikrobiellen Naturstoffen, sowie vom Engagement unseres hochqualifizierten Experten-Teams, welches gerne an Ihren herausfordernden neuen Forschungsprojekten mitarbeitet.

 

Zugang zu unseren einzigartigen Bioressourcen

Die Sanofi-Stammsammlung und damit verbundenen mikrobiellen NP-Extrakten und Reinsubstanzen ist das Erbe von über 7 Jahrzehnten engagierter industrieller Bemühungen, mikrobielle Diversität und deren Produkte im Labor zugänglich zu machen. Diese einzigartige Sammlung besteht aus 110 000 Mikroorganismen (alle vor 2014 gesammelt, Nagoya konform) und wird bis heute systematisch betreut bzw. kuratiert. So finden sich über 80 000 Actinomyceten, >2000 Myxobakterien, >1000 Firmicutes und mehr als 25 000 Pilze in der Sammlung. Durch spezifische Kultivierungsansätze erweitern wir die Diversität der Sammlung durch selten kultivierte  phylogenetische Zweige, wie z.B. Acidobacteria. Unsere eigens entwickelte Stammmanagement-Software hilft uns die Stammcharge mit biochemischen, genetischen und analytischen „omics“- Daten zu verknüpfen. So ist es uns möglich die Stammbank nach gewünschten Eigenschaften zu durchsuchen und zielgerichtete Kultivierungsansätze durchzuführen. Gleichzeitig können wir so die Datenintegrität unserer KundInnen und KollaborationspartnerInnen gewährleisten.

 

Greifen Sie auf unsere Hochdurchsatz-Screening-Plattform zu

Von multiresistenten Bakterien bis zu phytopathogenen Pilzen oder Parasiten wie Helminthen: Die Screening-Plattform des IME-BR bietet eine Vielzahl von Assays zur Identifizierung von Extrakten mit den gewünschten antimikrobiellen/antiparasitären Eigenschaften. Der flexible Workflow ermöglicht einerseits Zugang zu einer Vielzahl bereits etablierter Assays und andererseits die flexible Integration neuer Testsysteme. Automatisiertes Liquid Handling ermöglicht die Testung von Proben geringem Volumens in hohem Durchsatz und garantiert robuste Daten auf Industriestandard.

Neben der Bestimmung der Bioaktivität, können Proben auf enzymatische Aktivität (z.B. Chitinase oder Beta-Lactamase Aktivitität) gescreent werden. PCR-basierte Screenings von DNA-Extraktbibliotheken können verwendet werden, um zielgerichtet Stämme mit spezifischen Eigenschaften zu identifizieren.


Profitieren Sie von unserem einzigartigen Analyseservice

Das IME-BR verfügt über eine hochmoderne UHPLC-HRMS-basierte Analyseplattform für die Analyse von Extrakten. Die Messungen werden an einem Agilent 1290 Infinity® LC-System durchgeführt, das mit einem maXisII ™ (Bruker Daltronics) ESI-QTOF - ultrahoch auflösenden Massenspektrometer gekoppelt ist.

Metabolomische  Ähnlichkeitsanalysen und automatische Annotation bekannter Naturstoffe mittels interner Datenbanken gewähren wertvolle Einblicke in die zu untersuchenden Proben. Dabei kann die Annotationsdatenbank durch projektspezifische Verbindungsklassen erweitert werden (z. B. bekannte Antimykotika, Herbizide und Toxine). Unter Verwendung der sogenannten »Mikrofraktionierung«, kann die im Primärscreening beobachtete Bioaktivität eines Rohextraktes, einer oder mehrere Substanzen zugeordnet werden. Somit können Substanzen in Gemischen (Extrakten) unabhängig voneinander untersucht werden.

Die Analyse der UV-, MS- und MS/MS-Daten beinhaltet u.a. Datenbankabgleiche (interne und kommerzielle Stoffdatenbanken) und eine offline Ähnlichkeitsberechnung der Fragmentierungsmustern aller detektierter Verbindungen zu Datenbanksubstanzen  (»molecular networks«).

Stammsammlung des Fraunhofer IME

Hessischer Rundfunk

Über 110000 Pilze und Bakterien lagern in eine der weltweit größten industriellen Stammsammlung im Fraunhofer IME in Gießen. Die Mikroorganismen können uns dabei helfen Infektionskrankheiten und Multiresistente Keime zu bekämpfen.

© Fraunhofer IME
Weltweit größte industrielle Stammsammlung

Unsere Projekte

 

OekoReproShrimp

 

»Mit diesem Projekt wollen wir die Aufzucht von P. monodon Biolarven unter den Anforderungen von EU Bio in Deutschland demonstrieren.«

 

MbioShrimp

 

»Im Rahmen des MbioShrimp-Projekts entwickeln wir natürliche Produkte aus Pilzen und Pflanzen als zertifizierbare Lösungen für die weltweite ökologische Garnelenproduktion.«

 

Ein biobasierter Ansatz zur Milderung der Post-Mortem-Melanose in der Aquakultur von Garnelen

 

»In diesem Projekt werden natürliche Pilzprodukte als Antimelanotika für die Garnelenzucht untersucht und entwickelt.«

 

Nachhaltige Tiergesundheitslösungen

 

»In diesem Projekt werden neuartige Naturstoffe aus Mikroorganismen zur Entwicklung als Tiergesundheitslösungen der nächsten Generation für die Bekämpfung von parasitären Erkrankungen identifiziert.«

 

ProBioControl

 

Stoffwechselprofilierung von antifungal aktiven Bakterien, zur potentiellen Anwendung als Biokontrollmittel.

Das Thema ist auch für Sie interessant? Dann kontaktieren Sie uns gerne!

Bei Interesse an einer Kollaboration oder einer Forschungs- und Entwicklungsleistung kontaktieren Sie uns!

Prof. Dr. Till Schäberle

Abteilungsleiter »Naturstoffforschung«

Fraunhofer-Institut für Molekularbiologie und Angewandte Oekologie IME

Telefon +49 641 97219-140

Dr. Marius Spohn

Stellv. Abteilungsleiter »Naturstoffforschung«

Fraunhofer-Institut für Molekularbiologie und Angewandte Oekologie IME
Ohlebergsweg 12
35392 Gießen

Telefon +49 641 97219-189

Presse

 

Multiresistente Keime

Die Waffen gegen gefährliche Bakterien werden zunehmend stumpf, immer häufiger können lebensbedrohliche Infektionen nicht mehr therapiert werden. Ersatz gibt es bisher kaum – höchste Zeit zu handeln.

 

Podcast »Antibiotikum hilft gegen multiresistente Keime«

 

Salzige Böden sensibilisieren Pflanzen für eine unkonventionelle Form der toxischen Wirkung von Bakterien

 

Antibiotikaforschung: Mit optimierten Darobactinen zu neuen Therapeutika

 

Optimierte Naturstoffe als Schlüssel zur Behandlung bei chronischer Lungenerkrankung?

Forscherteam von Fraunhofer IME und Universität Gießen optimieren neuartiges Antibiotikum und zeigen zusammen mit dem LMU Klinikum München hervorragende Wirksamkeit gegen resistente gramnegative Erreger – Publikation in der Fachzeitschrift »Microbiology Spectrum«

 

Gießener Forscher entwickeln Antibiotika der Zukunft

Interview mit Dr. Sanja Mihajlovic und Prof. Dr. Till Schäberle 

 

Auf der Suche nach neuen Heilmitteln in alten Pilzkulturen

 

Boehringer Ingelheim and Fraunhofer IME launch collaboration

This partnership aims to develop sustainable animal health products.

 

Erfolg für Hochschul-Forscher im Kampf gegen Problemkeime

Forscher aus mehreren Ländern, darunter Wissenschaftler der Justus-Liebig-Universität Gießen, melden einen Erfolg auf der Suche nach neuen Wirkstoffen gegen Problemkeime. Die Rede ist von einem neuartigen Antibiotikum.

 

Gemeinsam gegen resistente Keime

Beim Pharmahersteller Sanofi hat Kanzlerin Merkel die Kooperation von Forschern und dem Unternehmen gelobt. Dies sei "ein wegweisender Zugang, um Innovation in Deutschland zu halten". Der Kampf gegen resistente Erreger steht auch auf der G7-Agenda.

 

Sanofi und die Fraunhofer-Gesellschaft gründen Exzellenzzentrum für Naturstoffforschung

Unsere Publikationen

 

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