Die Kernkompetenzen des Fraunhofer IME gliedern sich in zwei Bereiche, »Molekulare Biotechnologie« und »Angewandte Oekologie«, deren Aktivitäten auf vier Standorte verteilt sind. In Aachen und Münster etablieren wir bedarfsoptimierte Pflanzen, tierische Zellen und Mikroorganismen für verschiedene industrielle Anwendungen. Am Institutsteil Bioressourcen in Gießen, der dem Forschungsbereich »Molekulare Biotechnologie« zugehörig ist, entsteht ein weltweit einzigartiges Zentrum für die Erschließung von Bioressourcen. Der Bereich »Angewandte Oekologie« in Schmallenberg befasst sich mit der Risikobewertung von synthetischen und biogenen Stoffen für Umwelt und Verbraucher.