Molekulare Genetik

In den Forschungsschwerpunkten unserer Projektgruppe (u. a. Schmerz, Multiple Sklerose, Entzündungserkrankungen) haben, neben der genetischen Veranlagung, auch Umweltfaktoren und die Lebensweise einen Einfluss auf die Krankheitsentstehung, den Verlauf sowie die Therapiemöglichkeiten und den Therapieerfolg. Wir entwickeln und wenden Methoden an, um die genetischen als auch epigenetischen Faktoren zu bestimmen und zu untersuchen und für die Entwicklung diagnostischer Marker als auch neuer therapeutischer Ansätze einzusetzen.

Next Generation-Sequenzierung

  • Genvariant-Analysen (SNPs/INDELs)
  • Phage-Display-Sequenzierung

Global DNA-Methylierungsanalysen

  • TAMRA-Cytidin-Inkorporationsassay
  • LINE-1-CpG-Analyse

Spezifische DNA-Methylierungsanalysen

  • Methylierungssensitive Schmelzkurvenanalyse (MS-HRM)
  • Bisulfit-Pyrosequenzierung
  • Epigenetic Aging

Genom-weite DNA-Methylierungsanalysen (in Zusammenarbeit mit dem Fraunhofer IGB)

  • Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)

Histon-Modifikationen

  • Multiplex-ELISA (Luminex-System)

Ausgewählte Publikationen

King-Himmelreich, T.S., Schramm, S., Wolters, M.C., Schmetzer, J., Möser, C.V., Knothe, C., Resch, E., Peil, J., Geisslinger, G., Niederberger, E., 2016. The impact of endurance exercise on global and AMPK gene-specific DNA methylation. Biochem. Biophys. Res. Commun. 474, 284–290. http://doi.org/10.1016/j.bbrc.2016.04.078

Knothe, C., Shiratori, H., Resch, E., Ultsch, A., Geisslinger, G., Doehring, A., Lötsch, J., 2016. Disagreement between two common biomarkers of global DNA methylation. Clin Epigenetics 8, 60. http://doi.org/10.1186/s13148-016-0227-0

Kringel, D., Ultsch, A., Zimmermann, M., Jansen, J.-P., Ilias, W., Freynhagen, R., Griessinger, N., Kopf, A., Stein, C., Doehring, A., Resch, E., Lötsch, J., 2016. Emergent biomarker derived from next-generation sequencing to identify pain patients requiring uncommonly high opioid doses. Pharmacogenomics J. http://doi.org/10.1038/tpj.2016.28

Shiratori, H., Feinweber, C., Knothe, C., Lötsch, J., Thomas, D., Geisslinger, G., Parnham, M.J. Resch, E., 2016: High-throughput Analysis of Global DNA Methylation using Methyl-sensitive Digestion. PLOS ONE, accepted