DNA-Fragmentanalyse

Wir führen DNA Fragmentanalysen mit Hilfe des ABI 3730 Genetic Analyzers durch. Dieses Gerät verfügt über 48 Kapillaren zur elektrophoretischen Auftrennung von fluoreszensmarkierten DNA Fragmenten. Die Größen von Fragmenten in einem Größenbereich von 35 - 500 Bp können mit einer sehr hohen Genauigkeit (1 Bp) bestimmt werden. PCR Produkte in diesem Größenbereich können in ihrer Länge polymorph sein (z.B. amplified fragment length polymophisms, AFLP oder Mikrosatelliten-Marker) oder nach einer Restriktion polymorph werden (z.B. terminal restriction lenth polymorphism, T-RFLP). Es ist auch möglich mit Hilfe des LIZ1200 Größenstandards größere Fragmente zu analysieren. Bitte kontaktieren Sie uns um nähere Informationen zu erhalten.

Die Größen der Fragmente werden durch einen Vergleich mit einem mitlaufenden Größenstandard bestimmt, dieser ist in der Regel mit dem Fluoreszensfarbstoff LIZ markiert. Wir empfehlen die Farbstoffe 6FAM, VIC, NED oder PET zur Markierung der PCR Produkte da unser Gerät dafür kalibriert ist. Markierte Primer können bei vielen Oligonukleotid-Herstellern bezogen werden.

Daten-Analyse

Zur Analyse der generierten Daten stehen uns zwei verschiedene Programme zur Verfügung: Genemarker von der Firma SoftGenetics und Genemapper der Firma Applied Biosystems. Außerdem ist das Programm PeakScanner frei bei Applied Biosystems erhältlich (http://marketing.appliedbiosystems.com/mk/get/PS1_login) und kann zur einfachen Größenbestimmung und Quantifizierung verwendet werden.